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微生物菌群多样性分析(dgge)服务|实验技术服务——pczn1质粒+arctic express宿主菌低温表达体系。

我们具备丰富的蛋白表达设计经验及实验操作技巧，承诺客户不成功不收费。我们所有的实验数据真实可信，我们提供原始的表达菌株和克隆质粒，客户可以依据我们的实验报告重复我们的实验结果。

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测序实验流程：

dgge是根据dna在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的dna片段分开。具体而言，就是将特定的双链dna片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，dna片段向高浓度变性剂方向迁移，当它到达其变性要求的低浓度变性剂处，双链dna形成部分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性，因此dgge能将同样大小的dna片段很理想地分开，它是一种很有用分子标记方法。现已广泛应用于生物多样性调查、亲缘关系鉴定、基因突变检测等多个领域。

主要步骤

dgge对微生态的分析一般包括三个步骤:核酸提取，16srrna序列的pcr扩增以及dgge指纹图谱分析。有些学者通过克隆、测序建立微生物区系的16srrna/dna文库，通过系统发育分析，建立进化树，从而获得微生物多样性信息，但这种方法相对于指纹图谱技术来说，费时费力，价格也相对昂贵。

核酸提取

微生物总dna的提取是整个分子生物学技术的基础,是否能获得具有代表性的总dna样品将决定后续分析的可行性。一般认为微生物提取总dna的方法分为细胞裂解和核酸抽提两个步骤。细胞裂解有三种:机械法、化学法和酶法。机械法包括玻璃珠法、超声波法、冻融法等;化学法包括加入sds、等;酶法包括加入裂解酶、蛋白酶k 和溶解酶等。而许多研究者用其中两种或三种方法进行组合,发现组合后提取总dna 的效果较好。stahl等(1988)在含有sds和的体系中加入适量的玻璃微珠dna螺旋

dna螺旋,机械法裂解瘤胃样品中的菌体细胞。

16srrna基因序列的pcr扩增

细菌的核糖体rna按沉降系数分为5s、16s和23s三种,16srrna基因是细菌染色体上编码该rrna的相应dna系列。16srrna基因序列全长1540bp ,有保守区和可变区之分,每种细菌的保守区都是相同的,能反映生物种类的亲缘关系,为系统发育重建提供线索;可变区因细菌种类而异,通过保守区设计引物,扩增出可变区,就可以得知微生物多样性信息。

dgge指纹图谱分析

dgge电泳图谱的分析常用的是相似性聚类分析法。dgge 胶通过扫描仪输入计算机,通过molecular analysis软件进行相似性分析。通过dgge后得到的指纹图谱,每一条带代表某个微生物优势菌群,通过测序和序列比对,可以得出此优势菌群的种类。

dgge具有如下的优点：

（1）突变检出率高。dgge的突变检出率为99%以上。

（2）检测片段长度可达1kb，尤其适用于 100~500bp的片段。

（3）非同位素性。dgge不需同位素掺入，可避免同位素污染及对人体造成的伤害。

（4）操作简便、快速。dgge一般在24小时内即可获得结果。

（5）重复性好。但是，该方法需要特殊的仪器，而且合成带gc夹的引物也比较昂贵。